剪纸:一只蝙蝠的自述
来源:剪纸:一只蝙蝠的自述发稿时间:2020-03-30 21:14:22


冠状病毒显然具有跨越物种界限和适应新宿主的能力,尽管与其他一些RNA病毒相比,冠状病毒为什么会有这种能力尚不清楚。“这让我们能更直接地预测,未来会出现更多的冠状病毒。”

他们将COVID-19的出现和迅速传播称为“一场‘完美’的流行病学风暴”。这种具有相对高毒力的呼吸道病原体,具有跨越物种界限的不寻常本领。“事实上,流行病学建模表明,新冠病毒在武汉封城之前就已经在中国广泛传播。”

中国疾控中心此前获得了来自该市场“环境样本”(比如物体表面)的基因组序列。系统发育分析表明,它们与从武汉最早的病人身上采集的病毒密切相关。

上述推测结论来自两位病毒学专家:澳大利亚悉尼大学玛丽·巴希尔传染病和生物安全研究所的爱德华·霍尔姆斯(Edward C. Holmes)教授,以及中国疾控中心(CDC)传染病预防控制所研究员、复旦大学附属上海市公共卫生临床中心兼职教授张永振。当地时间3月26日,这两位“老搭档”联合在顶级学术期刊《细胞》(CELL)上发表了一篇评论“A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2”。

此外,尽管96%-97%的序列相似性听起来像上述一些蝙蝠病毒和新冠病毒密切相关,但事实上这可能代表了20多年的序列进化。因此,几乎可以肯定的是,更多的采样将确定更多的与新冠病毒关系更近的蝙蝠病毒。

作者们认为,这些插入事件反映了正在进行的冠状病毒的自然进化。虽然RmYN02在S蛋白上与新冠病毒有相当大的差异(序列相似性大约72%),但在最长编码基因去1ab上亲缘关系最接近(核苷酸序列相似性大约97%)。

据非洲各国官方发布数据统计,截至东部非洲时间26日20时,出现新冠肺炎疫情的46个非洲国家确诊总病例数已达3153例,其中包括82例死亡病例。

作者们提到,2013年在中国云南采集的中华菊头蝠样本RaTG13和新冠病毒在核苷酸序列水平上相似性为96%。尽管存在这种序列相似性,但新冠病毒和RaTG13在许多关键的基因组特征上存在差异,其中最重要的一点是,新冠病毒包含了S蛋白S1和S2亚基交界处的一个多碱基(furin)酶切位点插入(PRRA残基)。

除了蝙蝠之外,科学家也要重视中间宿主的作用。尽管蝙蝠可能是这种病毒的宿主,但它们与人类之间普遍的生态隔离使得其他哺乳动物作为“中间宿主”或“放大宿主”成为可能。在中间宿主中,新冠病毒能够获得部分或全部有效的人类传播所需的突变。在SARS和MERS事件中,果子狸和骆驼分别扮演这样的角色。

另一个备受关注的问题是,新冠病毒是否是重组病毒,这种重组是否可能促进了其出现。例如,有证据表明新冠病毒、RaTG13和广东穿山甲之间存在重组,而RmYN02的基因组也同样受到重组的广泛影响。